Les affluents principaux présents sur l’Isle en Gironde et gérés par le SIETAVI sont la Barbanne, le Palais et le Lavié sur la rive gauche et le Courbarieu sur la rive droite.
La Barbanne, le Palais et le Lavié possèdent des bassins versants où l’activité agricole est importante. Les parcelles agricoles représentent respectivement 45%, 28% et 34% de la surface totale des parcelles riveraines. Les activités agricoles sont essentiellement tournées vers la viticulture avec 87.7%, 28.6% et 65.2% de la surface agricole sont des vignobles.
La Barbanne
La Barbanne prend sa source sur la commune de Puisseguin Elle coule de l’est vers l’ouest. Elle traverse le vignoble de Saint-Emilion servant de limite naturelle aux communes de Montagne, Saint-Emilion, Lalande-de-Pomerol et Pomerol. Elle rejoint l’Isle en rive gauche, à 1 mètre d’altitude, sur la commune de Libourne, un kilomètre et demi au nord du centre-ville, au lieu-dit Brun. Sa longueur est de 29 km pour un bassin versant d’environ 66 km².
Le Lavié
Il prend sa source à près de 70 mètres d’altitude dans le vignoble de Saint-Emilion en limite des communes de Lussac et Puisseguin, au lieu-dit le Basque. Il rejoint l’Isle en rive gauche, un kilomètre au sud-ouest de Saint-Denis-de-Pile, au lieu-dit le Barrail des Bœufs. Long de 19 km, il possède deux courts affluents principaux : le Quarteyran et le ruisseau de la Cuve.
Le Palais
Il prend sa source en limite des communes de Francs et de Saint-Cibard, 400 mètres à l’ouest du bourg de Francs. Il traverse Petit-Palais-et-Cornemps, passe à seulement 300 mètres de l’Isle puis parcours la commune d’Abzac. Il rejoint enfin, quelques kilomètres plus loin, l’Isle en rive gauche, vers 4 mètres d’altitude, en limite des communes de Sablons et Saint-Denis-de-Pile, deux kilomètres au sud-ouest du bourg de Sablons, face au lieu-dit l’Orangerie. Sa longueur est de 30km.
Le Courbarieu
Il prend sa source à plus de 80 mètres d’altitude, dans la forêt de la Double sur la commune de Saint-Christophe-de-Double. Il rejoint l’Isle en rive droite, un kilomètre au nord de Camps-sur-l’Isle, entre les communes de Porchères et Coutras. Sa longueur est de 11 km. Depuis sa confluence avec le ruisseau de Partarieu jusqu’à celle avec l’Isle, il sert de limite naturelle à plusieurs communes, bordant : en rive gauche, Saint-Christophe-de-Double puis Porchères et de l’autre, Le Fieu puis Coutras.